Lo primero que hay que hacer es descargarse las fuentes del kernel desde www.kernel.org
Ahora descomprimimos el paquete en /usr/src (No es obligatorio hacerlo ahí pero si es recomendable para seguir la norma general).
Abre una consola en el directorio donde te has descargado el kernel y pon lo siguiente:

su
mv linux-2.6.x /usr/src
cd /usr/src

Para que funcione la segunda linea, tendrás que sustituir la x por el resto del nombre del archivo (me refiero al paquete comprimido que descargaste antes).

Con esto ya tenemos el paquete en /usr/src, ahora hay que descomprimirlo

• Si te has descargado el .tar.gz ejecuta en consola: tar xvzf linux-2.6.x.tar.gz
• Si te has descargado el .tar.bz2 ejecuta en consola: tar xvjf linux-2.6.x.tar.bz2

Ahora que ya está descomprimido vamos a reasignar los permisos de la carpeta para que puedas trabajar en ella desde tu usuario y no como root, para eso, en debían hay que escribir:

chown -R tu_nombre_de_usuario linux-2.6.x

Tendrás que reemplazar “tu_nombre_de_usuario” por el nombre de tu usuario lógicamente

Ahora cierra la consola que tenias abierta, abre otra nueva y pon:

cd /usr/src/linux-2.6.x

Ahora debemos configurarlo, esto quiere decir decidir cuales módulos deseamos que tenga (o que no tenga) una vez compilado. Existen varias formas de hacerlo y voy a comentar 3 formas:

1. make config <– Hay que tener algo de experiencia, si no la tienes no es recomendable seguir este camino ya que hace muchas preguntas de hardware.
2. make menuconfig <– Es muy cómodo hacer la configuración por este método porque posees un menú muy sencillo e interactivo. NOTA: Necesitas tener instalado las las librerías ncurses, en Debian se instalan poniendo en consola: aptitude install libncurses5-dev
3. make xconfig <– Debes tener instalado y en funcionamiento el servidor X, ya que toda la configuración se hace gráficamente (haciendo uso del sistema de ventanas). NOTA: Necesitas tener instaladas las librerías QT, en Debian se instalan poniendo en consola: aptitude install libqt3-dev

Yo uso el método 3 por ser mas cómodo pero puedes usar el que prefieras.
Una vez hayas configurado el kernel a tu gusto, puedes guardar y salir del asistente. Si no sabes que hacer, guarda sin modificar nada y tendrás un kernel que te funcionará bien en la mayoría de los casos.

Ya estás listo para compilar el kernel, escribe lo siguiente en consola (tal cual está ahí) y prepárate para esperar un buen rato:

make-kpkg clean
make-kpkg –initrd kernel_image kernel_headers

Cuando termine podrás instalar los dos paquetes resultantes (image y headers).
Ejecuta en la consola lo siguiente:

cd ..
dpkg -i TU_KERNEL.deb
dpkg -i TU_KERNEL-HEADERS.deb

Por ejemplo, en mi caso fue así:

dpkg -i kernel-image-2.6.29_10.00.Custom_i386.deb
dpkg -i kernel-headers-2.6.29_10.00.Custom_i386.deb

Ya puedes reiniciar la máquina e iniciar con tu nuevo kernel.

Para escribir esta guía me he basado en otra escrita por Alejandro Garrido Mota que está publicada bajo la licencia “GNU Free Documentation License” 1.2 y bajo esa misma licencia queda esta versión resumida de la misma.
Puedes ver una copia de su guía aquí o en su pagina web.